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三门地貌特征为西南部以低山丘陵为主，东北部为沿海平原，海岸曲折，岛屿众多。按地貌类型大体分如下四个区域：
西部、中部低山区 约占全县陆地面积的十分之四。其中低中山类型，海拔在800-1000米之间，分布在湫水山和双尖山东部，居中部沙柳、海游、亭旁、横渡等乡镇，为境内最高山地，其中低山类型，海拔在500-800米之间，分布在双尖山、大龙岭、湫水山等处，居西北部的珠岙、高枧、亭旁、海游及中部六敖、横渡、花桥等乡镇，低山区的清溪、珠游溪、亭旁溪、园里溪、白溪流域，产生了沙柳、海游、亭旁、邵家、悬渚、头岙、园里、桥头等带条状河谷平原，地势低平，灌溉便利。
东部丘陵区 总面积约301.34平方公里，占陆地面积的十分之三。其中高丘陵型，海拔在250-500米之间，分布在石笋山、长大山等处，居健跳、横渡、浬浦、沿赤和花桥、小雄等乡镇，面积约200多平方公里。其中低丘（含台地）类型，海拔在10-250米之间，多分布在健跳、沿赤、花桥、小雄、泗淋等乡镇，面积近80平方公里。台地分布在花桥、小雄等乡镇，面积约近10平方公里。
滨海平原区 由清溪、珠游溪、亭旁溪、白溪、花桥溪、山场溪等溪流冲积和海浪搬运淤积而成，海拔在10米以下，地势平坦，土层深厚而肥沃，分布在滨海六敖、沿江、浬浦、沿赤、花桥、泗淋、小雄等乡镇，占陆地总面积的十分之三。
沿海岛礁区 沿海岛礁的地质构造、岩性和地貌形态，都是陆地山脉丘陵的直接延伸部分，境内共有122个岛屿，岛屿岸线曲折，多悬崖陡壁。海拔在100米以上的岛屿有扩塘山、田湾岛、花鼓岛、龙山、下万山等，淡水资源除蛇蟠岛、花鼓岛、大屿、田湾岛、龙山、满山、光泽等岛外，其余较缺乏。
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